La guerre déclarée par l'armée fédérale Yougoslave contre la Croatie et la Slavonie orientale, au printemps 1991, a gagné le reste du pays, embrasant la Bosnie et causant la ruine de Sarajevo. Pendant 4 ans, de sanglants affrontements entre Croates, Serbes et Musulmans ont ponctué cette guerre qui n'a pris fin qu'en novembre 1995, avec les accords complexes et ambigus de Dayton, lesquels ont scellé une paix incertaine.

Durant la guerre, France Libertés s'est associée à des actions visant à rétablir le dialogue et à rendre justice aux victimes. Des fonds pour les écoles, les cantines et les soins médicaux ont été versés pendant toute la durée du conflit.

La Fondation a par ailleurs apporté sa contribution financière à Radio Brod, qui a émis pendant deux ans en direction des populations de l'ex-Yougoslavie ; elle a également participé à l'organisation du Forum de Vérone, sous l'égide de parlementaires européens, favorisant des rencontres régulières entre démocrates et forces armées en présence. Enfin, elle a apporté au Tribunal International de La Haye des informations concernant les massacres de Srebrenica.